La cryptographie et le watermarking ont fait aussi partie des recherches effectuées au laboratoire IRCCyN pour développer les applications de la transformée. Elle apporte des solutions pour la sécurisation et l’authentification.

En cryptographie, l’instabilité de la transformée Mojette permet de sécuriser les données. Le fait que la transformée soit exacte permet de crypter les informations et ne permet aucun écart même minime. En tatouage d’image, la transformée est très efficace en fingerprinting. En insérant des marques « Transformée Mojette » sur image, on peut authentifier les documents en utilisant les mêmes propriétés qu’en cryptographie.